Музейный комплекс «Домик Петра I» воссоздан на месте стоянки, в которой останавливался российский государь во время Персидского похода 1722 года.

В месте, где расположился музейный комплекс, император, согласно достоверным историческим данным, останавливался в августе 1722 года во время первой кампании Персидского похода. Для него был сооружен низкий домик, получивший в дальнейшем название «землянка Петра I». Объект был расположен примерно в 100 метрах к западу от берега моря и состоял из двух небольших комнат.

Во время Каспийского похода в нижней части города, в Дубарах, было начато строительство казарм для двух полков, а для самого Петра I был сооружен домик примерно в ста метрах к западу от берега моря и в пятидесяти метрах к югу от северной крепостной стены. На рисунке известного художника Василия Фёдоровича Тимма изображена низкая хижина из камня с двускатной деревоземляной кровлей и неказистым входным проемом. Очевидно, этот рисунок с натуры был сделан накануне сооружения здесь, в том же году, окружавшей землянку ограды из каменных пирамидальных колонок с ажурной металлической решеткой. По бокам прохода к землянке стояли два столбика, увенчанные царскими коронами.

В 1848 году вокруг домика была устроена каменная ограда. На каменных столбах ограды висели цепи, и были сделаны надписи: на одной — «1722 год», а на другой — «Первое отдохновение Великого Петра I».

1858 году Дербент посетил А. Дюма, который так описывает домик Петра I: «Первый предмет, поразивший нас – сооружение необычайной конструкции; оно было защищено двумя пушками, окружено решеткой, на двух каменных столбах виднелись две даты 1722 г. и 1848 г. и надпись «Первое отдохновение Великого Петра».

В 1870-х годах над саклей для защиты от разрушающего воздействия дождя и солнца был сооружен монументальный павильон из каменных квадратных колонн под шатровой железной кровлей. Вход в павильон располагался с запада. Чугунная плита с надписью с ограды была перенесена и установлена над входом. По обеим сторонам входа, на каменных постаментах, лежали стволы запальных пушек. Павильон был обнесен каменными столбиками. Точное время постройки и архитектор неизвестны.

Хижина царя была утрачена в XX веке во время Гражданской войны. В советское время памятнику истории не придавали значения, вследствие чего постройка уходила все глубже под грунт. Здание-колоннада была перестроена в жилой дом, окружающая территория также активно застраивалась промышленными и жилыми объектами, а остатки землянки первого российского императора были погребены под новым фундаментом.

В 2015 году домику присвоили статус музейный комплекс «Дом Петра I в Дербенте». На средства благотворительного фонда Зиявудина Магомедова «Пери» были проведены раскопки на месте землянки и восстановлена колоннада, построенная над землянкой в XIX веке. Рядом возведено современное музейное здание.